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金融機関に所属するシステムエンジニアの仕事内容は、銀行や証券会社などの顧客に対して、システム構築や開発を行うことがメインとなります。
通信技術の依存度が高い業界において、所属する機関で異なる営業業務支援や顧客管理などの専門的知識が必要なシステムを扱う他、難解なプログラムの解読、重大なバグを処理する業務も行います。

銀行なら、預金や貸出などの入手金と利息計算システム、保険会社なら保険に関する管理システム、証券会社なら投資関連のシステムなどを中心に扱います。
既存のサービスやネットバンク、コールセンターなど、新しいシステムが登場する業界であることから、それらに対応できるスキルとして、プログラム言語と事務処理能力が最低限必要となります。
また、複数の企業やクライアントのもとに出向くため、問題解決に必要な意思疎通が取れるコミュニケーション能力の他、臨機応変に対応できる思考力や行動力も要求されます。

転職する場合には、他業界のソフトウェアを作っている会社から、情報技術スキルを駆使してコンサルタント業務に転向、金融機関向けのクライアントプロジェクト業務経験があると有利になるでしょう。
プロダクトマネージメントやピープルマネージメント、ベンダーマネージメントのスキル、海外系のシステムを扱う英語力も要求されるからです。
なお、銀行系に所属しその専門的スキルを身に付けたとしても、業界が必要とするスキルが異なるため、保険会社や証券会社への転職は難しいと言えます。

転職の方法に関しては、情報サイト金融系システムエンジニアを目指してが参考になるかもしれません。